In allen Bereichen der Biowissenschaften hat man es mit stetig größer werdenden Datenmengen zu tun. Entsprechend anspruchsvoll wird die – traditionell der Informatik zukommende – Aufgabe, sie im Hinblick auf eine biologische Fragestellung zu analysieren. An dieser Schnittstelle hat sich in den vergangenen Jahrzehnten eine Disziplin etabliert, die in  beiden Welten gleichermaßen zu Hause ist: die Bioinformatik. Eine ihrer ursprünglichsten Aufgaben ist dabei die Auswertung von Daten, die aus Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Experimenten stammen.  „Mit der heute am weitesten verbreiteten Illumina-Technologie erhält man Bruchstücke von 125 bis 150 Basen, aber davon 100 Millionen oder mehr“, erzählt Heinz Himmelbauer, Professor für Bioinformatik an der Universität für Bodenkultur (BOKU) Wien. Aus diesem Datenmaterial müsse das zugrunde liegende Genom erst einmal rekonstruiert werden. Die Herausforderungen bei dieser Aufgabe sind vielfältig: Daten können durch Sequenzierfehler verrauscht sein, zudem lassen sich nicht alle Bereiche des Genoms gleichermaßen einfach sequenzieren; je nach Region liegen daher unterschiedliche Mengen an Daten vor. Besondere Probleme bereiten repetitive Sequenzen, die noch dazu über weit voneinander entfernte Abschnitte des Genoms verstreut sein können.Hat man einmal die Abfolge der Basenpaare in einem bestimmten Genom entziffert, stellt sich im nächsten Schritt die Aufgabe, zu bestimmen, wo sich darin die Gene befinden, also jene Abschnitte, die tatsächlich…