The FEMS Get involved bulletin is out! Read the October issue with microbiology research, events and calls. We want to highlight especially the open call for nominations for FEMS-Jensen Award. This Award is for young outstanding microbiology researchers and comprises a fellowhsip for at least half a year spending at an outstanding research laboratory  and up to 10.000 EUR.

Get Involved Bulletin

Content

1. Join the volunteer translation team
2. Building Communities - Lotte Nielsen
3. Goodbye Interns
4. Nominations open for FEMS-Jensen Award
5. 50 Editors waive fee for grants
6. Join the AcademicLabs' network
7. EMA public consultation
8. FEMS MEMBERS Section

The ÖGMBT has a very wide international network and is a member of several relevant scientific societies like FEMS. ÖGMBT members are automatically members of these societies and are entitled to benefits such as travel grants, short-term and long-term fellowships, Awards etc. Current CALLS and Deadlines are published on our webpage and are sent to our members within the ÖGMBT newsletter.

Life Science Awards Austria 2019 given to young Austrian researchers

Each year, the ÖGMBT initiates a unique nationwide search in order to find the brightest young researchers in the Life Sciences field across all of Austria. At the 11th Annual Conference in Salzburg, five young scientists were honoured for their internationally sensational work. The promotion of young scientists is one of the ÖGMBT’s main pillars. Regularly awarding scientific prizes is an important measure to support early-stage researchers. Additionally, these awards highlight the excellence in the Austrian research landscape and increase the visibility of exceptional life sciences topics in the public. With the support of the Federal Ministry for Digital and Economic Affairs (BMDW) and the industrial sponsors Polymun Scientific and THP Medical Products the prestigious awards together with prize money in the total amount of EUR 11.000 EUR were awarded.

Two different awards were available: The Life Science Research Awards Austria and the Life Science PhD Awards Austria. Both in the categories basic research and advanced science. An additional Research Award in the category

LIFE SCIENCE RESEARCH AWARDS AUSTRIA 2019

In the basic research category, the Life Science Research Award 2019 went to Jörg Renkawitz from the Institute of Science and Technology Austria in Klosterneuburg (IST). His work "Nuclear positioning facilitates amoeboid migration along the path of least resistance" was published in the renowned journal Nature.

Obstacle course for white blood cells

With an innovative obstacle course in the micrometer range, Renkawitz has microscopically observed the migration of white blood cells and obtained important insights in the process. Jury Chairman Joachim Seipelt: "Among other things, it was possible to show that these cells use the path of least resistance and that the cell nucleus is used as a yardstick. In the human body, lymphocytes constantly patrol the body to monitor the immune system and play an important role in the defence against pathogens". The findings can also help to understand how cancer cells migrate. This could be useful for new cancer therapy approaches.

Involved in every fifth cancer: Price for analysis of BAF mutations

Every fifth human cancer involves a mutation in one of the BAF complex genes. The BAF complex plays an important role in chromatin remodelling. In turn, chromatin organises the approximately two metres of DNA in the nucleus of every human cell so that certain genes can be activated and others switched off depending on the cell type and condition. It is currently largely unknown how BAF mutations contribute to the development of cancer. There is also no therapy for the targeted treatment of cancer condemned by BAF mutations.

Sandra Schick from the CeMM Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences (CeMM) systematically analyzed the importance of BAF subunits and received the Life Science Research Award 2019 in the category applied research. In her paper published in the scientific journal Nature Genetics, she describes previously unknown combinations of BAF subunits whose simultaneous inhibition could be used for the targeted treatment of cancer.

DOI: 10.1038/s41588-019-0477-9

Environmentally friendly production of osteoporosis drugs

For the second time, this year´s special prize for scientifically outstanding research with social relevance was awarded to Aline Telzerow from the Graz University of Technology. Her work, published in the renowned journal ACS Catalysis, describes an innovative biocatalytic process that can be used for the production of important drug precursors. This process enables the efficient and environmentally friendly production of various drugs that could be used, for example, for the treatment of osteoporosis.

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.8b04524

LIFE SCIENCE PHD AWARDS AUSTRIA 2019

Brain dynamics and Animal Behaviour

The dissertation prize in the basic research category goes to Harris Kaplan of the Vienna Research Institute of Molecular Pathology (IMP). In his dissertation on nematodes, Kaplan investigated how brain dynamics influence animal behaviour. The results are relevant for the entire animal kingdom in order to understand the influence of the nervous system on behaviour. Jury Chair Viktoria Weber: "The results of this work contradict intuition. This further strengthens the influence of this work on the understanding of animal behaviour".

Biotechnological use of CO2

The doctoral thesis of Thomas Gaßler from the University of Natural Resources and Applied Life Sciences Vienna (BOKU) describes how the industrially frequently used yeast Pichia pastoris can be modified in such a way that it can use CO2 as the sole carbon source. The work could help to reduce the greenhouse gas CO2 by using it as a carbon source in fermentation processes and also lead to significant cost savings in production. In order to be able to carry out the necessary genomic changes, Gaßler has co-developed a new CRISP/Cas9 toolbox for Pichia pastoris, which will be useful for many laboratories and companies.

11 years of ÖGMBT: Conference as stepping stone to an international career

ÖGMBT President Prof. Dr. Lukas Huber: "The work of the winners will be internationally recognized - thus once again proving the top level of Austrian life science research. The ÖGMBT's dissertation and research prizes have been awarded for eleven years. Over the years, it has become clear that the ÖGMBT has been a great success: The Life Science Awards Austria are a national and international career turbo and are made possible by the BMDW, THP Medical Products and Polymun Scientific through many years of support".

Federal Minister Dr. Elisabeth Udolf-Strobl: "Public research funding and the participation of industry are important inputs for the creation of innovations. The BMDW spends € 100 million per year on location-relevant research. A large part of this is invested in cooperative research between science and industry. Prizes and awards are a somewhat smaller but very effective part of the long-term support. This highlights the research potential of the location and brings successful personalities and important social issues before the curtain".

Students, scientists and companies from all over Austria come together for the annual conference and exchange views on the latest research results. This year the conference took place in Salzburg with 300 participants.

Many thanks to the jury of the Life Science Awards Austria 2019!

Viktoria Weber, Helmut Bergler, Ludger Hengst, Simon Hippenmeyer, Michael Sauer, Harald Pichler, Martin Wagner, Ruth Prassl, Florian Grebien,  Thomas Caspari, Lukas Mach, Joachim Seipelt, Monika Schmoll, Alexandra Lusser, Wolfgang Doppler, Gerhard Schütz, Eva Stöger, Fritz Aberger, Oliver Spadiut and Wolfgang Mikulits

For more info and for media feedback:

https://www.oegmbt.at/awards/research-award

https://www.oegmbt.at/awards/phd-award

https://www.oegmbt.at/jahrestagung/archiv/jt2019

Supported by

European Plant Science Organisation, EPSO, initiated petition

European scientists incl. Nora Brambilla (TU-München) started a petition to ask changing the title for the European Commissioner-designate from ‘Innovation and Youth’ to ‘Education, Research, Innovation and Youth’ to give  the necessary attention as well to education and research in the next Commission of the EU. Find detailed info below.
 
10.000 signatures are needed to be heard by the EC and the European Parliament!
 
Please sign the petition at www.futureofresearch.eu (Sign via the indico portal. The 2^nd link is the European Parliament but not active, just disregard) and ask your colleagues, students and networks from academia to industry etc. to do so too - best today to have most signatories by Wednesday, 25.9.2019
 
Signatories who should be highlighted as eminent to the EC / EP, pls let This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. know. But the most important goal is to reach the 10.000 signatories – this is all our future!
 

Detailed info:

The candidates for the new EU commissioners were presented last week. In the  new commission the areas of education and research are not explicitly  represented anymore and instead are subsumed under the "innovation and  youth" title.

This emphasizes economic exploitability (i.e. "innovation") over its foundation, which is education and research, and it reduces “education” to “youth” while being essential to all ages.

We, as members of the scientific community of Europe, wish to address this situation early on and emphasize both to the general public, as well as to relevant politicians on the national and European Union level, that without dedication to education and research there will neither exist a sound basis for innovation in Europe, nor can we fulfil the promise of a high standard of living for the citizens of Europe in a fierce global competition.

President von der Leyen, in her mission letter to commissioner Gabriel (Web link to Mandate Letter: https://ec.europa.eu/commission/sites/beta-political/files/mission-letter-mariya-gabriel-2019_en.pdf, has emphasized that “education, research and innovation will be key to our competitiveness”.

We have prepared an open letter at www.futureofresearch.eu to demand that the EU commission revises the title for commissioner Gabriel to “Education, Research, Innovation and Youth” reflecting Europe’s dedication to all of these crucial areas. We also call upon the European Parliament to request this change in name before confirming the nominees for commissioner.

Please support this letter by going to www.futureofresearch.eu and signing up as supporter on line.

With best regards,

Prof. Dr. Siegfried Bethke             (MPI for Physics)
Prof. Dr. Nora Brambilla                (TU-München)
Prof. Dr. Aldo Deandrea                (U-Lyon 1)
Prof. Dr. Carlo Guaraldo                (INFN Frascati)
Prof. Dr. Luciano Maiani               (U-Roma La Sapienza)
Prof. Dr. Antonio Pich                   (U-València)
Prof. Dr. Alexander Rothkopf       (U-Stavanger)
Prof. Dr. Johanna Stachel             (U-Heidelberg)
 
 
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Dr. Karin Metzlaff
Executive Director
European Plant Science Organisation, EPSO
Rue de l‘Industrie 4, 1000 Brussels, Belgium
Karin.Metzlaff”epsomail.org ; T/F: +32-2-21362-60/69
www.epsoweb.org ; EU Transparency Register Number 38511867304-09
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Prof. Dr. Nora  Brambilla                     Tel.:   +49-89-289-123-53
Physik-Department T30f
http://einrichtungen.ph.tum.de/T30f/
Technische Universitaet Muenchen    Secretary: Susanne Tillich
James-Franck-Str. 1                 Tel.:   +49-89-289-123-58
85747 Garching                      Fax:    +49-89-289-123-25

Für das Jahr 2020 arbeitet w-fFORTE (Wirtschaftsimpulse von Frauen in Forschung & Technologie) gerade an einem neuen modular aufgebauten Karriere-Format (Trainings, Selbstreflexion, Networking, Projektentwicklung), um Frauen in Forschung & Innovation zu unterstützen, in ihrem beruflichen und persönlichen Wirken weiterzukommen.

Beteiligen Sie sich mit Ihren Bedürfnissen & Erfahrungen bei unseren Entwicklungsaktivitäten:

Für Forscherinnen & Innovatorinnen:

- Online-Umfrage (bis 22.9.)

- Teilnahme an der Fokusgruppe im Oktober (Bei Interesse bitte mail This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)

Für Führungskräfte & VertreterInnen aus Forschungsunternehmen &-einrichtungen: Wir möchten im Jahr 2020 auch engagierte Organisationen bzw. deren erfolgreiche Mitarbeiterinnen vor den Vorhang holen. Interessiert? Wir freuen uns auf einen Austausch. Bitte um ein kurzes Mail This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it..

Montag, 14. Oktober, 2019, 16.00-18.00 Uhr
Tech Gate Vienna, Donau-City-Straße 1, 1220 Wien

Nadja Bergmann (L&R Sozialforschung) präsentiert die Ergebnisse und Highlights der Studie
„Digitalisierung - Industrie 4.0 - Arbeit 4.0 - Gender 4.0“.
Sie wird einen Einblick in die gegenwärtige Diskussion geben und die Zukunft der Arbeitswelt vor dem Hintergrund der Gender-Dimension erläutern.

Alle Interessierten sind herzlich eingeladen. Die Teilnahme ist kostenlos.

Einladung und Anmeldung: https://www.ffg.at/femtech-nwt/digitalisierung

#BMVIT #FFG

In allen Bereichen der Biowissenschaften hat man es mit stetig größer werdenden Datenmengen zu tun. Entsprechend anspruchsvoll wird die – traditionell der Informatik zukommende – Aufgabe, sie im Hinblick auf eine biologische Fragestellung zu analysieren. An dieser Schnittstelle hat sich in den vergangenen Jahrzehnten eine Disziplin etabliert, die in  beiden Welten gleichermaßen zu Hause ist: die Bioinformatik. Eine ihrer ursprünglichsten Aufgaben ist dabei die Auswertung von Daten, die aus Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Experimenten stammen.  „Mit der heute am weitesten verbreiteten Illumina-Technologie erhält man Bruchstücke von 125 bis 150 Basen, aber davon 100 Millionen oder mehr“, erzählt Heinz Himmelbauer, Professor für Bioinformatik an der Universität für Bodenkultur (BOKU) Wien. Aus diesem Datenmaterial müsse das zugrunde liegende Genom erst einmal rekonstruiert werden. Die Herausforderungen bei dieser Aufgabe sind vielfältig: Daten können durch Sequenzierfehler verrauscht sein, zudem lassen sich nicht alle Bereiche des Genoms gleichermaßen einfach sequenzieren; je nach Region liegen daher unterschiedliche Mengen an Daten vor. Besondere Probleme bereiten repetitive Sequenzen, die noch dazu über weit voneinander entfernte Abschnitte des Genoms verstreut sein können.
Hat man einmal die Abfolge der Basenpaare in einem bestimmten Genom entziffert, stellt sich im nächsten Schritt die Aufgabe, zu bestimmen, wo sich darin die Gene befinden, also jene Abschnitte, die tatsächlich exprimiert werden. „Man benutzt dazu Erkennungssequenzen, die auch die Proteinmaschinerie in der Zelle dazu verwendet, an der richtigen Stelle abzulesen“, schildert Himmelbauer das Prinzip, nach dem man dabei vorgeht. Himmelbauers Gruppe hat zum Beispiel daran mitgewirkt, das Genom der Zuckerrübe zu rekonstruieren. „Von 27.000 von der Bioinformatik prognostizierten Genen konnten mehr als die Hälfte experimentell bestätigt werden“, sagt der Forscher.

Vom Genom zum Metagenom

Noch komplexer ist die Situation, wenn man nicht einen einzelnen Organismus, sondern eine ganze Gemeinschaft von Arten in ihrer natürlichen Umgebung betrachtet, etwa Mikroorganis-men, die in einer Pflanze oder in deren Wurzelbereich leben. Mit derartigen Interaktionen beschäftigt sich Günter Brader vom Kompetenzbereich „Bioresources“ des Austrian Institute of Technology (AIT): „In unserer Forschung gibt es zwei Hauptthemen: Welche Faktoren führen zur Ausbildung einer Krankheit? Und wie können Mikroorganismen der Pflanze  nützen?“ Brader ist nicht selbst Bioinformatiker, sondern benutzt die Leistungen der Bioinformatik als Instrument. Gerade bei nah verwandten Stämmen ist es aber nicht einfach, in der mikrobiellen Gemeinschaft genetische Information bestimmten Organismen zuzuordnen.
Noch schwieriger ist es aber herauszufinden, was die gefundenen Gene funktionell bedeuten, also z. B. welche Metaboliten produziert werden. Zur Beantwortung solcher Fragen ist es wichtig, dass die Bioinformatik gut mit den im Labor beschäftigten Biowissenschaftlern zusammenarbeitet. „Bei Bacillus-Stämmen wissen wir durch biochemische Untersuchungen schon viel über den Metabolismus und die Proteine, die dabei eine Rolle spielen, bei anderen Organismen ist noch viel weniger Information vorhanden“, erklärt Brader.

Der Stammbaum des Lebens

Arndt von Haeseler ist Leiter des CIBIV (Center for Integrative Bioinformatics Vienna) an den Max F. Perutz Laboratories (deren wissenschaftlicher Leiter er vor kurzem wurde): „Das CIBIV wurde 2005 von Universität Wien und Meduni Wien gegründet, mit dem Ziel, die Forschungseinrichtungen am Vienna Biocenter mit Modellbildung aus der Bioinformatik anzureichern“, erzählt der Forscher. Am CIBIV verfolgt man zwei verschiedene Vor-stoßrichtungen: Zum einen werden Daten aus molekularbiologi-schen Hochdurchsatzexperimenten analysiert. „Am Campus gibt es sehr viel Grundlagenforschung, die Fragen aufwirft, die nicht Standard sind. Wir helfen mit, diese zu analysieren", erzählt von Haeseler. Dennoch will er diese Arbeit nicht als Service verstanden wissen: „Wir entwickeln neue Analysemethoden und bilden dabei eine Brücke zur ‚reinen Mathematik‘. Das hat den Charakter einer echten Forschungskooperation, die für beide Seiten zu vielen guten Publikationen führt.“
Zum anderen versucht man am CIBIV anhand eines Vergleichs von DNA-Sequenzen evolutionäre Stammbäume zu rekonstruieren. „Dabei handelt es sich um eine Optimierungsaufgabe, bei der man den am besten mit den Daten zu vereinbarenden Baum finden will“, erklärt von Haeseler. Ultimatives Ziel ist die Rekonstruktion eines riesigen Stammbaums, in den Sequenzdaten zu allen Spezies eingeflossen sind, die man kennt. Erschwert wird das durch die Möglichkeit des horizontalen Gentransfers bei ein-fachen Lebensformen: „Je weiter man im Stammbaum zurückgeht, desto mehr ähnelt dieser eher einem Netzwerk“, so von Haeseler.
Die beschriebenen Gruppen sind nur einige Beispiele von Trägern und Anwendern bioinformatischen  Wissens. Wichtige Ressourcen findet man auch in der von Thomas Rattei geleiteten „Division of Computational Systems Biology” der Universität Wien. Hier interessiert man sich dafür, auf der Grundlage von bioanalytischen Daten großen Maßstabs ein Verständnis für biologische Systeme zu gewinnen – von einzelnen Arten bis zu ganzen Ökosystemen. Zusätzlich steht auch für die Bioinformatik mit dem Vienna Scientific Cluster Research Center eine universitätsübergreifende Infrastruktur auf dem Gebiet des High Performance Computing zur Verfügung.

Original Kolumne 4/2018